5-甲基胞嘧啶(5-mC)是哺乳动物基因组DNA中主要的表观遗传标记。5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)是一种新发现的表观遗传修饰,可能是由胞嘧啶加氧酶TET家族对5-mC的氧化而产生的(1,2)。
现有技术可以识别基因组DNA中的5-mC,但最常用的方法亚硫酸氢盐测序是费力的,不能区分5-mC和5-hmC(3)。
EpiMark®5-hmC和5-mC分析试剂盒可用于分析和定量特定位点内的5-甲基胞嘧啶和5-羟甲基胞嘧啶。
该试剂盒通过T4 β-糖基转移酶(T4- bgt)的酶促反应将葡萄糖添加到5-hmC的羟基上,从而将5-mC与5-hmC区分开来。当5-hmC在CCGG中发生时,这种修饰将可切割的MspI位点转化为不可切割的位点。